On admet que Tombouctou fut fondée au début du XII°  siècle par des tribus nomades qui avaient l’habitude de se déplacer avec leurs troupeaux entre la ville d’Araouan au Sahara et le village d’Amtagh, sur les bords du Niger. Ils décidèrent d’établir un campement définitif dans une dépression où l’eau, abondante en toute saison, était excellente et la végétation relativement luxuriante. Ils y déposait sous la garde d’une vieille femme bellah, « Bouctou » leur provisions : d’où le nom de Tombouctou (Tin-Bouctou). Ainsi, Tombouctou proviendrait de l’agrandissement de ce campement Touareg.

Par la suite, Tombouctou devint le carrefour des caravanes et le grand débouché de la plupart des routes transsahariennes

·      Tombouctou vers le Maroc,

·      Tombouctou vers l’Egypte,

·      Tombouctou vers la Tripolitaine.

Cette situation favorisa l’immigration de marabouts arabo-berbères au XV^e siècle et celle d’élites au début du XVIè siècle. Ainsi, on vit arriver à Tombouctou dès la première moitié du XV^e siècle deux grandes familles de LETTRES : les AGIT et les ANDA Az MOHAMED.

Une deuxième vague d’immigrants à Tombouctou est provoquée par l’attraction qu’exerçait la ville sur le monde soudano-sahélien tant par sa prospérité économique que par la réputation des Docteurs que ses murs renfermaient. Ainsi du Tichitt, de Takkeza, du Touat, de Djenné, du Macina, vinrent un nombre important de Docteurs célèbres parmi lesquels Mohamed Bagayoko, type idéal du docteur tombouctien, qui se voua tout entier au service de Dieu, de sa communauté et de la société.

Ces nouveaux venus s’installèrent dans la ville et aussitôt adoptés, s’adonnèrent aux études et à l’enseignement de la science et du dogme de l’Islam. A la même époque, de la Mecque vint Es Segli qui s’enracina dans la boucle du Niger. Cette immigration d’élites apporta avec elle le savoir et contribua à l’animation de la vie intellectuelle et religieuse de la ville.

Certains d’entre eux furent IMAMS et d’autres s’inscrivirent parmi les plus grands noms de la ville. Ville cosmopolite et commerciale par ses origines, c’est là que les caravanes faisaient la rupture de charge à côté de la vieille BOUCTOU. Dans ce contexte, Tombouctou s’ouvrant au Monde, s’enrichit d’idées et de marchandises.

Les docteurs étaient en relation suivie avec les grandes universités musulmanes, les penseurs de l’Orient et du Maghreb. C’est dans ce formidable creuset que va fleurir cette culture négro-arabo-berbère qui fera de Tombouctou et du Soudan nigérien le point de mire du monde aux XV^e et XVI^e siècles.

Les savants de Tombouctou, avec leur science, n’avaient rien à envier à leurs homologues du monde arabo-berbère.

L’université de Sankoré fut leur phare le plus resplendissant pendant plusieurs siècles, à une époque où les livres étaient vendus par leur poids en or.